Создаю программно заказ клиента и ПКО на основании заказа и провожу.
Захожу на форму и вижу "оплачено по заказу 0 руб". Что я упустил?

(0) какая именно УТ? Использование договоров есть? Расчеты ведутся в разрезе чего?

(0)

Создайте вручную заказ клиента и ПКО.
Сравните их с тем, что вы сделали программно.

(1) УТ 11.5.10.84, Договора не используются