Элементы справочника в базе-источнике и в базе-приёмнике никак не связаны ни по какому условию.

Можно только задать соответствие код-источника = код-приёмника. Элементов справочника не много - штук 20.

В каком событии в ПКО прописать это соответствие, чтобы обмен просто находил соответствующий элемент в базе приёмнике?

https://youtu.be/W2IiEh95tYQ

Думаю прописать код подмены в событии "При загрузке" ПКС "Код"

(0) Передвыгрузкой пкс Код. Присвоить нужный код переменной Значение. Поиск, разумеется, по коду.

https://youtu.be/rUJxKs8Sg4Y

(0) В "После загрузки правил обмена" конвертации заполняешь соответствие, заносишь в Параметры.

в базе-приемнике регистр сведений СоответствияОбъектовИнформационныхБаз есть?
вот туда можно напихать уид-ы соответствующих объектов. обработкой. дергаешь из источника в список-источник (с уид-аим)через com, свой(приемника) в список-приемник с уид-ами. ручками устанавливаешь соответствие, по "Сохранить" - добавляеш нужные записи в этот РС. все. при следующем обмене оно будет по этой настройке устанавливаться.

А какой-нибудь Комментарий поле для сцепки элементов почему бы не забить и потом по нему сопоставить? В коде такое прошивать - дело нехорошее.