Приветствую. Делаю стандартный полный перенос штатными средствами, но почему-то переносятся только кадровые документы. Документы начислений не переносятся. В чем может быть проблема?

В том, что это не предусмотрено.
https://buhexpert8.ru/1s-zup/perehod-na-1s-zup-3/s-1s-zup-2-5/poryadok-perehoda-s-zup-2-5-na-zup-3-1-vybor-i-sravnenie-variantov-perenosa-dannyh.html

(1) По предложенной ссылке описано, что данные расчета переносятся при полном переносе и можно формировать отчеты за прошлые периоды.

Ни при одном из вариантов переноса данных в ЗУП 3 не переносятся следующие данные:

* Штатное расписание (оно формируется уже в ЗУП 3 по актуальной штатной расстановке);
* Настройки отражения в учете;
* Дополнительные реквизиты и сведения;
* Данные управленческого учета.

(2) Иии? Вы какое то противоречие сказанному в (1) увидели?