Есть справочник группы магазинов в табличной части содержит магазины, как добавить его везде в отчетах?

выбираю группу магазинов и автоматом подтягиваются соотвествующие магазины

отбор в группе

(2) при выводе тоже. Групп может быть множество, причем они могуп пересекаться.

Грубо говоря речь идет о групповой иерархии

(0) Вызови программиста, он поможет. И кстати, вопросы корректнее задавай. а не "Грубо говоря речь идет о групповой иерархии" Начни с конфигурации, потом опиши задачу и твои пути решения. Пока пишешь это всё чаще всего решение уже само в голову приходит, но если нет, то продолжай задавать, но только конкретные вопросы