После настройки обмена (РИБ по магазину) в основной базе не регистрируется себестоимость товара при оформлении поступления в подчиненной базе. Т.е. в если поступление создано во подчиненном узле, то в основном нет себестоимости товара. Все, что создано в головном узле нормально регистрируется в подчиненном. Если же в головном узле перепровести документ поступления, созданный в подчиненном, то себестоимость нормально устанавливается.
Это проблема правил обмена?

На пришедший документ и его движения посмотреть не судьба?

(1) из вопроса не понятно, делает  движения или нет?

(2) Криво изъяснился, нет движений по регистру "себестоимость", пока не перепроведу документ.