Вот такой запрос выдает 2 записи для номенклатур с одинаковым наименованием:

"ВЫБРАТЬ РАЗЛИЧНЫЕ
|    Номенклатура.Наименование КАК НаименованиеУТ,
|    Номенклатура.Ссылка КАК Ссылка
|ИЗ
|    Справочник.Номенклатура КАК Номенклатура
|ГДЕ
|    Номенклатура.ЭтоГруппа = ЛОЖЬ
|
|УПОРЯДОЧИТЬ ПО
|    НаименованиеУТ"

А как бы сделать, чтобы в выборке было только по одной записи НАИМЕНОВАНИЙ, даже если такое наименование есть у нескольких ссылок справочника?

Для этого есть группировки полей запроса

Максимум(ссылка), например

(1) Это подчасть большого запроса с временными таблицами и прочими прибамбасами, неохота ещё и группировать внутри...

(2) Спасибо, работает)

(0) можно ещё, через "ИТОГИ по наименование", тогда ещё и ссылки можно будет с этим наименованием обходить.