Здравствуйте, было принятие к учету ОС ручной операцией ДТ 01.01 КТ 08.04, как теперь начислить амортизацию?

Сам документ Принятие к учету ОС тоже создан, но не заполнена первоначальная стоимость

(1) Сделать принятие к учету как положено, документом.
Ручные операции отменить.

(1) посмотрите на движения по регистрам этого документа, затем на ручную операцию

(3) Можно конечно к ручной операции прикрутить движения по регистрам, но при работе с ОС их столько что обязательно что то забудешь, потом вылезет где не ждешь.
Поэтому лучше не баловать, а сделать все штатно

(1) "не заполнена первоначальная стоимость" - в карточке ОС или в движениях по регистрам документа?

(4) я как бы к этому выводу и прошу ТС обратить своё внимание)

(4) ну положим перевести лизинговое оборудование в нелизинговое при разных субсчетах на 01 и 02 можно только ручной операцией с корректировками регистров. так что...