Век живи - век удивляйся...
Как вариант - создай Регламентное задание, по расписанию. Если база на SQL - будет работать как служба.
Если файловая - все равно нужно запускать под пользователем "Обмен".
А там разве нет возможности в параметрах обмена настроить порядок обмена через ftp и по факту появления изменений ?
(0) Если есть общий модуль ПроцедурыОбменаДанными и/или ПроцедурыОбменаДаннымиПолныеПрава - то там ищи место, где можно/нужно обойти тобою созданное ограничение.
Глупец, лишенный способности посмеяться над собой вместе с другими, не сможет долго выносить программирование. Фредерик Брукс-младший