Все сотрудники подразделения в середине текущего месяца были переведены в другое подразделение. Соответственно зарплата была начислена по обоим подразделениям. В отчете "Своде начисленной зарплаты" не выводятся никакие суммы по старому подразделению за текущий месяц. Кто сталкивался с таким поведением отчета и как его исправлял?

Никак. В отчет выводится "последнее" подразделение.

(1) Это я понимаю, может быть кто то сталкивался с этим и есть наработки по этой задаче. Там довольно таки громоздкий запрос и боюсь сломаю его своими правками.

(2) P.S. ни в коем случае не прошу писать за меня код. Если уже есть что то похожее  - буду благодарен.

Начисления Вы может как-то сможете разделить по подразделениям. И то не все. А удержания? Остатки?

(4) с удержаниями, остатками согласен - никак скорее всего. Прост получается ситуация, что есть начисления по подразделению, а отчет ничего не возвращает, естественно бухам это не нравится.

(5) не помню, а анализ начислений - не поможет? ну и в конце концов - по проводкам можно увидеть, если эти подразделения различаются по учету затрат

(6) Так и сделали в итоге.