после выгрузки через универсальную обработку, в базу попали документы, у которых есть движения, но сами документы не проведены. Перепроведение, установка пометки удаления, не спасают. Пересчет итого то же.
как программно исправить этот баг?

документ.движения.очистить()

Вообще зря выгружали сразу с движениями. А так помогает либо (1), либо проведение->отмена проведения->пометка на удаление

(1)не работает чтото

Да что за дерьмо? никак не удаляются движения документа.

Показывай, как делал.

(5)сделал. теперь получилось по другому. все работает.

Для Каждого Документ Из Метаданные.Документы Цикл
        Док=Документы[Документ.Имя].Выбрать(ВыбНачПериода,КонецДня(ВыбКонПериода));
Пока Док.Следующий() Цикл
    ТекДок=Док.ПолучитьОбъект();
    Если Не ТекДок.Проведен Тогда
        ЕстьДвижение=Ложь;
        Для Каждого Движение Из ТекДок.Движения Цикл
ЕстьДвижение=Истина;
Прервать;
        КонецЦикла;
        Если ЕстьДвижение Тогда
//                                    Попытка
                        ТекДок.Записать(РежимЗаписиДокумента.ОтменаПроведения);                    
                    Исключение
                    КонецПопытки;
                КонецЕсли;
            КонецЕсли;
        КонецЦикла;
    КонецЦикла;

(6) не пиши так больше

зачем объект у не проведенных получать?