При проведении или распроведении документа СчетФактураВыданный на реализацию товара с основанием отчёткомиссионеру чистится суммадокумента.
Насколько мне понятно, в обработке призаписи по процедуре УчетНДС.ПолучитьПараметрыСчетаФактуры, в параметрах как раз и получаются нули, которые не поставились, потому что запрос проверил, что у документа основания не установлен параметр счётфактура на вознаграждение.
Это нормально?

Сорри, не там глянул, никаких на вознаграждение, в табличной части должно быть, а это уже нормально. Вопрос снят.