Уже в который раз сталкиваюсь с таким:
имеется некий счет (в БГУ 502.11 для примера) со следующими субконто:
1.КОСГУ
2.Принятые обязательства (договора)
3.Раздел лицевого счета.

Если в консоле запроса сделать так:
ВЫБРАТЬ
   ВЫРАЗИТЬ(ЕПСБУОстаткиИОбороты.Субконто3.Владелец КАК Справочник.ЛицевыеСчета) КАК ЛицСчет,
   ВЫРАЗИТЬ(ЕПСБУОстаткиИОбороты.Субконто2 КАК Справочник.Договоры) КАК Договор
ИЗ
   РегистрБухгалтерии.ЕПСБУ.ОстаткиИОбороты(&ДатаНачГода, &ДатаКон, Регистратор, , Счет = &Сет50211, , ) КАК ЕПСБУОстаткиИОбороты

То нормально выведутся данные: первая колонка - лицевые счета, вторая - договора.
Все это дело запихивается в СКД и там уже в результате выводятся NULL, необходимо поменять субконто местами!

Почему так происходит? Притом компоновщик тут непричем, такое уже замечал при считывании проводок документов по некоторым другим счетам (толи авансы с контрагентами, толи взаиморасчеты), там тоже порядок субконто отличается от порядка в пользовательском режиме или конфигураторе.

P.S: Порядок в предопределенных элементах плана счетов совпадает с пользовательским.

(0) Т.е. в конфигураторе и пользовательском:
1.КОСГУ
2.Принятые обязательства (договора)
3.Раздел лицевого счета.

А чтобы верные значения получить, необходимо ориентироваться на:
1.КОСГУ
2.Раздел лицевого счета
3.Принятые обязательства (договора).

там парметр виртуальной таблицы есть ВидыСубконто. С ним пробуй

параметр "Субконто", задаешь, например как, "ВидыСубконто"
Потом определяешь его как массив, добавляешь нужные субконто. Все должно быть ОК

(2), (3) Про задание в параметры массивов в курсе, просто интересно почему так происходит. При считывании движений документа порядок Субконто2 и Субконто3 тоже отличается.